Η Α.Ε. ΦΙΛΥΡΟΥ ιδρύθηκε στις18/3/1961. Έχει έδρα το Δημοτικό γήπεδο Φιλύρου, όπου στεγάζονται και τα γραφεία της ομάδας, στο δάσος του Φιλύρου (περιοχή Αμαδρυάς). Κατά τα χρόνια της ιστορίας της υπήρχαν άνθρωποι που διακατέχονταν από ιδεώδη και αναζητούσαν μέσα από τον αθλητισμό να αναδείξουν τις ανθρώπινες αξίες όπως, την άμιλλα, τον πολιτισμό και το σεβασμό μέσα και έξω από το γήπεδο απέναντι σε συμπαίκτες αλλά και αντιπάλους. Εμπνεόμενοι από την αξία του Ολυμπισμού, μια παρέα πέντε ατόμων με πρωτεργάτη τον ΑΝΤΩΝΙΑΔΗ ΙΩΑΝΝΗ του ΚΥΡΙΑΚΟΥ και μέλη τους: ΑΠΟΣΤΟΛΙΔΗ ΓΡΗΓΟΡΙΟ, ΤΣΑΧΟΥΡΙΔΗ ΣΤΕΦΑΝΟ, ΜΟΥΡΑΤΙΔΗ ΗΛΙΑ και ΠΑΠΟΥΝΙΔΗ ΛΑΖΑΡΟ, ίδρυσαν τον Μορφωτικό Αθλητικό Όμιλο Φιλύρου (Μ.Α.Ο. ΦΙΛΥΡΟΥ), η αρχική ονομασία της ομάδας. Το 2000 μετονομάστηκε με απόφαση του Πρωτοδικείου Θεσσαλονίκης σε Αθλητική Ένωση Φιλύρου (Α.Ε.ΦΙΛΥΡΟΥ.). Ανέκαθεν η παρουσία όλων των μελών που απάρτιζαν τα Δ.Σ. της ομάδος στηρίζονταν στον εθελοντισμό, οι όποιες υπηρεσίες παρείχε ο καθένας ήταν αφιλοκερδώς και στηρίζονταν στην αγάπη για τον αθλητισμό, το ποδόσφαιρο, τα παιδιά του Φιλύρου και της τοπικής κοινωνίας γενικότερα. Ο σύλλογος δραστηριοποιείται κυρίως στο χώρο του ποδοσφαίρου και εκτός από την ανδρική ομάδα, λειτουργούν και τμήματα υποδομής (bambini, pre-junior, junior, προ παιδικό, παιδικό και νέων). Συμμετέχει ενεργά όλα αυτά τα χρόνια στα ανδρικά Πρωταθλήματα της Ε.Π.Σ.Μ., καθώς και στα παιδικά όπως επίσης και στο θεσμό του κυπέλλου της Ε.Π.Σ.Μ.. Κατά τη διάρκεια όλων αυτών των χρόνων ύπαρξής της έφτασε να αγωνίζεται στην Α1 κατηγορία το 2003-2004 και σήμερα αγωνίζεται στην Α’ κατηγορία της Ε.Π.Σ.Μ.

Από τις πολλές διακρίσεις ξεχωρίζει αυτή της κοινωνικής και πολιτιστικής προσφοράς σε χιλιάδες νέους που φόρεσαν τη φανέλα της ομάδας και σε ακόμη περισσότερους φιλάθλους που καλλιέργησαν την άμιλλα και το «ευ αγωνίζεσθε» που είναι η αρχή και το τέλος κάθε αθλητικής συνάντησης. Η Α.Ε. ΦΙΛΥΡΟΥ προσφέρει έργο εθνικό και κοινωνικό, καλλιεργεί τον αθλητισμό στηριζόμενη στα ιδεώδη του, παιδαγωγεί και βοηθάει τους νέους του Φιλύρου να χαράξουν, μέσα στην σημερινή επικίνδυνη κοινωνία μας, δρόμο σωστό  και σύμφωνα με την παράδοση και την ιστορία της Ελληνικής μας φυλής. Να τους οδηγήσει μακριά από τις κακές συνήθειες, από τη μάστιγα των ναρκωτικών και της ατάσθαλης ζωής γενικότερα και τα όποια προβλήματα αντιμετωπίζουν. Η άθληση των παιδιών γίνεται σε ένα υπέροχο περιβάλλον μέσα στο δάσος του Φιλύρου σε υψόμετρο περίπου 450 μέτρων σε γήπεδα με φυσικό χόρτο και με εξειδικευμένους προπονητές (απόφοιτοι ΤΕΦΑΑ και κάτοχοι διπλωμάτων ΕΠΟ/UEFA).